Wyrouboff rappelle l'exemple de l'hypothèse de l'éther pour illustrer le danger d'une transformation d'une fiction en dogme scientifique. Il met ainsi en avant la nécessité de distinguer l'hypothèse scientifique de la croyance en la réalité de l'entité inobservable qu'elle postule :
« L'hypothèse des ondulations de l'éther, après avoir provoqué d'admirables découvertes, a fini par arrêter toutes les investigations expérimentales; on s'est complu dans l'entassement de formules mathématiques qui expliquent sur le papier les phénomènes connues, sans faire connaître de phénomènes nouveaux; aussi cette partie de la science est-elle restée exactement au point où l'ont laissé e les travaux de Fresnel, d'Arago et de Biot. Tout cela n'est pas douteux et des faits de ce genre se présentent en foule; mais leur simple énoncé ne suffit pas, il faut les examiner de plus près et les interpréter. il y a dans toutes les hypothèses scientiifques deux choses très distinctes : une supposition qui permet de relier les péhnomènes observés entre eux et une croyance à la réalité de cette supposition. On imagine un fluide infiniment peu dense et ininiment élastique, on le fait onduler suivant les lois positives de la mécanique, et il se trouve qu'il explique les phénomènes lumineux; puis, peu à peu, on se persuade que ce fluide existe et que rien n'existerait sans lui. Ce sont là deux opérations différentes de l'esprit, dont la première n'entraîne pas nécessairemnt la seconde : on peut accepter l'hypotèhèse et s'en servir sans la prendre le moins du monde pour l'expression d'un fait réel. La supposition, en tant qu'introduction d'une cause possible, n'est nullement en contradiction avec l'esprit le plus rigoureusement positif; elle ne se substitue pas à l'observation, puisque, dès le principe, elle reconnaît son caractère imaginaire, elle n'a qu'une prétention, celle de présenter un procédé artificiel, mais commode pour se retrouver au milieu d'un dédale de faits dont les rapports constants sont inconnus. La confusion d'une entité et d'un phénomène naturel est, au contrarire, manifestement incompatible avec le caractère propre de la méthode scientifique; elle sape la base même du savoir objectif et constitue par conséquent un grave danger. » (Wyrouboff (1880), p. 180).
Afin de réfuter les démonstrations positives de Delboeuf en faveur du libre arbitre, Grocler s'appuie sur la mécanique moléculaire :
« J’ai, pour ma part, soumis à un examen attentif, sinon bien compétent, les démonstrations par lesquelles il prétend arriver à une solution positive, rigoureuse du problème ; et ayant remarqué que son argumentation, plus brillante que serrée, comporte des objections fondamentales qui en compromettent la solidité et la portée, je demanderai la permission de les exposer ici. Ma réponse sera exclusivement réservée à la réfutation des démonstrations de l’auteur, et ne sortira pas du terrain de la mécanique moléculaire, qui seule est capable de fournir les démonstrations mathématiques annoncées. » (Grocler (1882), p. 530)