Wyrouboff présente les étapes par lesquelles les conceptions théoriques de la chimie sont passées et ont abouti à la théorie atomique : théorie dualiste, théorie des types et théorie atomique.

• Afin de réaliser l'historique des conceptions théoriques de la chimie, Wyrouboff présente aux lecteurs du périodique le système dualiste de Lavoisier et Berzelius, le langage chimique de Guyton de Morveau, la loi des propositions définies de Richter, la loi des proportions multiples de Dalton, les observations de Dumas sur le chlore, la théorie des types de Laurent et Gerhadt, la théorie atomique de l'école de Wurtz.

• Wyrouboff présente les conceptions de Comte sur la chimie. Il estime qu'elles représentent la base des nouvelles recherches positives dans le champ de la chimie :
  
  « Il faut revenir aux idées de M. Comte, non sans doute pour les accepter telles quelles, mais pour les continuer dans le même sens, et l'on y reviendra, j'en suis profondément convaincu. Dans quelques années d'ici, - les choses marchent vite de nos jours - la théorie atomique, déjà fortement ébranlée, aura fait son temps, on reprendre l'étude depuis longtemps abandonnée de la chimie minérale, et la philosophie chimique, telle que la concevait M. Comte, sera fondée à l'état pleinement positif. » (Wyrouboff (1879), p. 199).

• Wyrouboff présente les définitions de la chimie données par Wurtz, Naquet et Berthelot

• Wyrouboff examine les critiques de Berthelot et de Brodie à l'égard de la théorie atomique

• Wyrouboff met en relief le flou conceptuel des définitions de la chimie données par Wurtz, Naquet et Berthelot :
  
  « Il ne serait pas difficile de citer une dizaine de définitions différentes, souvent contradictoires, données la plupart au hasard, comme des phrases banales que la routine oblige de mettre en tête des manuels et des traités; j'aime mieux appeler l'attention du lecteur sur ce fait, que les chimistes modernes, préoccupés de leurs théories et de leurs systèmes n'éprouvent aucun besoin de nous dire comment ils entendent définir la science dont ils s'occupent. Le Dictionnaire de M. Wurtz, ce recueil des doctrines nouvelles, ne contient même pas le mot chimie. L'introduction qui le précède et qui examine l'histoire de la science depuis Lavoisier jusqu'à nos jours, se contente de nous dire que la chimie "est une science française", définiton très patriotique, mais très insuffisante; un grand nombre d'autres ouvrages dus à l'école atomique sont dans le même cas, ils nous exposent avec détail les faits chimiques, les théories chimiques, sans nous dire ce qu'ils entendent par chimie. (...) Parcourez les livres modernes et vous y rencontrerez des phrases comme celle-ci : "La chimie s'occupe des propriétés des corps et des actions qu'ils exercent les uns sur les autres, en tant que ces actions touchent à leur constitution intime, la modification de la constitution intime étant l'altération de la molécule dans la nature, le nombre, la distance et le mode de groupement des atomes qu'elle contient (Naquet)", ce qui revient à dire que la chimie n'existerait plus le jour où il serait reconnu que les atomes sont des êtres purement imaginaires. (...) Que signifie cette définition que vient de formuler un illustre savant : La chimie est la science de l'analyse et de la synthèse ? (Berhelot). » (Wyrouboff (1879), pp. 179-180).

  Bien que Wyrouboff se rallie aux critiques formulées par Berthelot à l'égard de la théorie atomique, le Chimiste-Philosophie formule plusieurs reproches : 

  
  « Ce livre (Synthèse chimique) (...) a le tort de donner le premier rang à la synthèse, alors qu'elle n'est qu'un contrôle des recherches analytiques, de ne parler qu'incidemment de la chimie inorganique alors qu'elle devrait être placée en première ligne (...). Les doctrines existantes supprimées, les théories et les hypothèses balayées, l'auteur met-il quelque chose à leur place ou bien, ce qui convient mieux, nous explique-t-il pourquoi aucune doctrine unique n'est nécessare, et nous montre-t-il ce que doit être la chimie telle qu'il l'entend ? Nullement. Il se contente de substituer à l'idée de types et de radicaux complexes, l'idée bien plus rationnelle de fonctions chimiques (il en admet six : cerbures d'hydrogène, alcools, aldéhydes, acides, éthers, alcalis, amides, radicaux métalliques). il ne sort donc pas de la chimie du carbone et nous laisse encore une fois dans cette inacceptable alternative : ou bien la "synthèse chimique" n'est pas une méthode générale, ou bien la chimie moinérale n'est pas une chimie. Malgré la tentative très remarquable de M. berthelot, nous restons donc dans une époque de transition, attendant toujours une généralisation vraiment positive qui embrassera dans un même tableau l'ensemble des phénomènes chimiques. » (Wyrouboff (1879), pp. 193-194)

  Bien que Wyrouboff se rallie aux critiques formulées par Brodie à l'égard de la théorie atomique, le Chimiste-Philosophe rejette le système d'écriture abstrait et purement formel des réactions chimiques inventée par l'auteur :
  
  « M. Brodie, un chimiste anglais bien connu par ses beaux travaux, a passé plusieurs années de sa vie à imaginer une nouvelle notation plus conforme, selon lui, à la réalité. Come . M. berthelot, M. brodie attaque vivement les théories atomiques, il attaque même la notation moderne qu'il trouve illogique et arbitraire, rempl!ant l'une et l'autre par une théorie et une notation à lui. (...) La notation de M. brodie ne vaut guère mieux, malgré la très-grande ingéniosité des formules. (...) S'il fallait absolument choisir entre deux conceptions arbitraires, tout esprit positif préférerait de beaucoup la fiction des atomes, qui gardent encore quelque chose de matériel, à ces symboles grecs qui n'ont même pas l'avantage de présenter, comme les symboles universellement admis, la première lettre du nom des corps simples. M. Brodie qui a voulu bannir la métaphysique sous forme d'hypothèse l'a prise pour guide sous forme de méthode de raisonnement - ce n'est pas un progrès, c'est une aggravation du mal. Et d'ailleurs, que nous importe une nouvelle notation ? Les notations anciennes, abstraction faite des théories qu'elles cachent, suffisent amplement pour exprimer tout ce que nous connaissons, elles sont même la partie la plus développée, la plus parfaite de la chimie; ce qu'il nous faut ce sont des faits nouveaux, des relations chimiques nouvelles, des classifications rétabissant l'équilibre rompu depuis longtemps au prodit de la chimie organique; c'est à la solution de ces problèmes que M. Brodie eût dû appliquer son esprit novateur. » (Wyrouboff (1879), pp. 194-196)

• Wyrouboff, Grégoire Nicolaevitch, « Les Hypothèses scientifiques », in La Philosophie Positive, t. 25, Paris, 1880, pp. 169-184. (http://gallica.bnf.fr/ark:/12148/bpt6k778965/f168.image)