L’ouvrage de Caro, qui fait l’objet de l’étude critique d’André, s’appuie sur une interprétation spiritualiste des écrits de Claude Bernard pour caractériser les principes épistémologiques de l’école expérimentale.

André présente la théorie des hypothèses de Comte pour montrer qu’il n’existe pas, contrairement à ce que prétend Caro, de différence fondamentale entre le concept d’idée à priori de l’école expérimentale et le concept d’hypothèses de l’école positiviste :

« Nous comprenons que l’emploi de ce mot idée à priori, dans un sujet scientifique, par un savant aussi illustre que M. Claude Bernard, soit doux au coeur des spiritualistes, et qu’ils cherchent à s’en emparer pour nous l’opposer victorieusement. Mais il convient de rechercher si ce mot, tel qu’il est compris par M. Bernard, tel qu’il peut être compris par tout savant, est susceptible d’aucune des interprétations que lui ont attribuées les métaphysiciens; nous aurons à voir ensuite si cette idée à priori, scientifiquement interprétée, correspond à une divergence entre l’école positiviste et l’école expérimentale. (…) A regarder les choses de près, l’idée à priori de l’école expérimentale n’est donc tout au plus que ce que les savants ont l’habitude d’entendre par hypothèse. Tout en reconnaissant que M. C. Bernard a traité certaines parties de cette question avec un esprit nettement scientifique et un talent littéraire remarquable, il n’est plus permis à personne, aujourd’hui, d’ignorer que c’est Auguste Comte qui, le premier, dans son Cours de philosophie positive, a restitué aux hypothèses leur caractère véritable, déterminé à quelles conditions est assujetti leur emploi, et indiqué les services qu’elles sont appelées à rendre à la science. Pour quiconque connaît ce livre, il est au moins singulier qu’on croie trouver, à ce sujet, chez les savant, des idées étrangères et même opposées à la philosophie positive. (…) Sur ce premier point donc, en résumé, nous reconnaissons que, dans l’étude des phénomènes, dans l’organisation des expériences, notre esprit construit des hypothèses qui lui sont suggérées par la nature du phénomène considéré par les lois des phénomènes déjà connus, et que la condition de ces hypothèses est d’être expérimentalement vérifiable. L’idée est commune à l’école positive et à l’école expérimentale; il y a, paraît-il, une différence dans les mots : Comte a dit hypothèse, mot scientifique, appliqué à une idée scientifique; M. Claude Bernard a dit idée à priori, mot métaphysique appliqué à une idée scientifique. Les spiritualistes, nous le comprenons, préfèrent le mot d’à priori; mais les savants, même ceux de l’école expérimentale, préfèrent certainement le mot d’hypothèse. » André (1869), pp. 138-141)

André a pour objectif de mettre en relief les confusions conceptuelles et méthodologiques de l’ouvrage de Caro. L’analyse critique de l’ouvrage permet à André de faire la preuve non seulement qu’il n’existe pas de différence fondamentale entre les principes épistémologiques de l’école positiviste et ceux de l’école expérimentale, mais aussi que le positivisme, contrairement à ce que prétend Caro, n’est pas un matérialisme.