Nys rappelle la position d’Ostwald à l’égard de la valeur des hypothèses atomiques. Il oppose cette position à celles des chimistes qui voient dans l’hypothèse des atomes un décalque de la réalité :

« Les formues de structure sont susceptibles de diverses interprétations. Plusieurs chimistes, et ils sont de loin les plus nombreux, y voient un décalque de la réalité, une copie fidèle de la constitution vraie du composé chimique. Pour eux, les atomes sont des individualités immuables dont les formules décrivent les relations réciproques. Cette première interprétation qui consacre la permanence actuelle des masses atomiques, s’impose-t-elle ? A-t-elle le droit de se réclamer de l’expérience ? Du point de vue scientifique, nous n’hésitons pas à affirmer que pas un fait ne la démontre. (…) Cependant, comme certains philosophes peu favorables au thomisme se plaisent à invoquer contre nous l’opinion des chimistes, qu’il nous soit permis de citer le témoignage d’un savant hautement compétent en la matière : « Comme de tous les phénomènes, écrit M. Ostwald, les phénomènes mécaniques nous sont les plus familiers, la plupart des hypothèses sont des représentations mécaniques de phénomènes non mécaniques. L’hypothèse dont il s’agit ici présente ce caractère… L’hypothèse que dans les combinaisons les atomes des éléments subsistent et changent seulement de mode de groupement, figure le rapport constant entre les divers dérivés d’un même élément… A tous ces points de vue, l’hypothèse atomique a été un instrument très utile pour la théorie et la recherche en ce qu’elle a beaucoup facilité l’intelligence et l’emploi des lois générales. Mais il ne faut pas se laisser entraîner, par l’accord existant entre l’image et la réalité, à confondre l’une avec l’autre. Dans le domaine jusqu’à présent étudié, les phénomènes chimiques se passent comme si les matières étaient composées d’atomes de la façon que nous avons exposée. Mais il résulte de là tout au plus, quant à l’existence de ces atomes, une possibilité et nullement une certitude. Car il est impossible de démontrer qu’une hypothèse tout autre ne permettrait pas de déduire aussi parfaitement les lois des combinaisons chimiques. Ce ne sera donc pas renoncer à l’usage de l’hypothèse atomique que de se rappeler toujours que cette hypothèse représente les relations expérimentales par une image commode et facile à manier, mais qu’il n’est pas légitime de substituer aux faits eux-mêmes. Il faut toujours s’attendre à ce que la réalité se comporte tôt ou tard autrement que son image ne le fait prévoir. En particulier, quand des considérations quelconques bien fondées, conduisent à des résultats contradictoires avec l’hypothèse atomique, on n’a pas le droit de les regarder pour cela comme fausses. La faut peut très bien être du côté de l’hypothèse atomique elle-même… il serait assurément conforme à l’intérêt de la science d’observer à cet égard plus de réserve. » Précieux conseil que feraient bien de méditer et de suivre certains auteurs trop enclins au dogmatisme tranchant, pour qui la valeur d’un système philosophique n’a d’autre mesure que sa concordance avec l’ensemble des données de la théorie atomique. La chimie ne nous fournit donc aucune preuve péremptoire de la persistance actuelle des atomes au sein des composés. Elle n’établit que la possibilité de cette hypothèse. » (Nys (1905), pp. 73-75)

Nys répond aux attaques formulées par Blanc à l'égard de la thèse de la divisibilité des formes essentielles : 

« Dans un article qui nous est spécialement consacré, il (Blanc) se prononce ouvertement pour l’indivisibilité absolue de toute forme essentielle : « Dans aucun cas, écrit-il, il ne faut parler de la division de la forme substantielle elle-même. Ou la forme substantielle n’est pas, ou elle est indivisible : sa divisibilité entraînerait celle de la nature, de l’essence ; car si l’essence est indivisible, c’est par le forme substantielle, d’où elle tient son unité. Avec son indivisibilité, l’essence perdrait son immutabilité, sa permanence ; on pourrait l’augmenter ou la diminuer, la rentre tout autre ». Pour le philosophe français, la division n’est qu’apparente ; elle constitue, en fait, une multiplication de formes essentielles. (…) On le voit, le langage de M. Blanc est très catégorique, et la condamnation qu’il formule s’étend à toutes les applications de la théorie thomiste » (Nys (1905), pp. 61-62)

Nys répond à certaines difficultés soulevées par Charousset : 

« Abordons une dernière difficulté présentée par M. Charousset. Elle est suggestive et digne d’un sérieux examen : « Si l’animal est substantiellement un, d’où vient cette unité ? De l’âme ? Or, l’âme est-elle simple, ou composée de parties ? Si elle a des parties, elle n’est pas une unité, mais collectivité. Ses parties, loin d’unifier, ont donc besoin elles-mêmes d’être unifiées par une autre réalité. Cette autre réalité sera-t-elle simple ou composée ? Il faut qu’elle soit simple, sans quoi elle ne pourrait pas non plus produire l’unité, et l’on devrait recourir à une série indéfinie, ce qui est impossible. Mais alors comment, sous le coup de la division, un être vivant, substantiellement un, deviennent-il plusieurs ? » Cette objection, disions-nous est spécieuse. Elle soulève en outre un des plus délicats problèmes de la cosmologie : celui des rapports qui unissent la matière à la forme, et le composé lui-même à certains de ses accidents. Pour en dissiper l’équivoque, force nous est donc de scruter, à la lumière des principes du thomisme, la constitution intime de l’être corporel. » (Nys (1905), p. 69)

Hartmann vise l’interprétation thomiste des formules de structure : 

« La chimie moderne est l’une des sciences qui semblent être le moins en harmonie avec la cosmologie scolastique. Les formules de structure qu’elle emploie pour exprimer la constitution chimique des composés et rendre compte de l’origine de leurs propriétés réactionnelles, ne sont-elles pas la négation explicite de l’unité essentielle du mixte inorganique ? Ces formules mêmes et leurs conséquences ne doivent-elles pas s’étendre au domaine de la vie où les corps qu’elles symbolisent se retrouvent avec la totalité de leurs caractères distinctifs ? (…) Entre les données actuelles de la chimie et la doctrine traditionnelle, il existe donc un antagonisme, au moins apparent, dont il serait inutile de nier l’importance. De là, un problème nouveau pour les amis de la scolastique : Quelle attitude prendre à l’égard de ces formules ? Faut-il y souscrire et leur sacrifier l’un des principes fondamentaux du système, à savoir l’unité substantielle des composés minéraux et organiques ? Vaut-il mieux leur refuser tout crédit, quitte à renoncer à ce précieux instrument de travail auquel la science est en grande partie redevable de ses étonnants progrès ? Et puis, nous dit M. Hartmann, si la théorie de l’École leur refuse droit de cité, par quelle hypothèse va-t-elle les remplacer ? A notre sens, cette difficulté est beaucoup moins troublante qu’elle ne paraît. Ici, comme dans tant d’autres questions scientifiques, la vieille doctrine peut aisément se concilier avec les exigences de la science nouvelle, à condition de distinguer soigneusement le certain de l’incertain, l’hypothèse des données expérimentales. » (Nys (1905), p. 73)

Laminne discute la théorie de Nys selon laquelle le composé est doué d’une homogénéité substantielle, indispensable à l’unité de l’être, et d’une hétérogénéité accidentelle (Nys (1905), pp. 79-80).

Gredt, G., « Les théories cosmologiques de M. Nys », in Revue Néo-Scolastique, t.12, Louvain, 1905, pp. 483-487

Laminne, « La permanence des éléments dans le composé chimique », in Revue Néo-Scolastique, t.13, Louvain, 1906, pp. 324-330

Gredt, G., « Les théories cosmologiques de M. Nys », in Revue Néo-Scolastique, t.12, Louvain, 1905, pp. 483-487

Laminne, « La permanence des éléments dans le composé chimique », in Revue Néo-Scolastique, t.13, Louvain, 1906, pp. 324-330